階段3：體系審核：體系認證機構指派審核組對申請的質量體系進行文件審查和現場審核。文件審查的目的主要是審查申請者提交的質量手冊的規定是否滿足所申請的質量保證標準的要求，當文件審查通過后方可進行現場審核，現場審核的主要目的是通過收集客觀證據檢查評定質量體系的運行與質量文件的規定是否一致，證實其符合質量保證標準要求的程度，給出審核結論，向體系認證機構提交審核報告。

對新成立的公司或搬遷后的公司，外審分為二個階段進行，每次審核發現的問題，企業必須高度重視且積極整改。

 階段4：審批發證。體系認證機構審查審核組提交的審核報告，對符合規定要求的批準認證，向申請者頒發體系認證證書，證書有效期3年；對不符合規定要求的也書面通知申請者，證書官網可查。

階段5：監督管理：ISO 9000認證體系對獲得認證后的監督管理也非常重視，如證書持有者改變其認證審核時的質量體系，須及時將更改情況報告給認證機構，由體系認證機構根據具體情況決定是否重新評定，同時，體系認證機構對證書持有者的質量體系每年至少進行一次監督審核，以確保其質量體系得以繼續保持。